Les origines de l'Université de Kinshasa remontent à 1925, avec la création d'un centre médical à Kisantu par des professeurs de l'Université Catholique de Louvain. Cette initiative a conduit à la fondation de la FOMULAC (Fondation Médicale de l'Université de Louvain au Congo), incluant une école d'infirmières, suivie par le CADULAC (Centre Agronomique) en 1932.

L'Université Lovanium fut officiellement établie le 12 octobre 1954 sous le nom de "Centre Universitaire Congolais", devenant la première université congolaise en 1956 et obtenant le statut d'université catholique en 1957. La Faculté de Médecine débuta concrètement en 1956, avec un enseignement aligné sur le modèle belge pour assurer l'équivalence des diplômes. Initialement installée à Kisantu, elle s'établit définitivement sur la colline de Mont-Amba la même année.

À partir de 1957, un programme de spécialisation fut mis en place dans les principales disciplines médicales. En 1961, les premiers diplômés achevèrent leurs études, marquant un jalon historique. Aujourd'hui, la Faculté de Médecine de l'UNIKIN demeure la référence en matière de formation médicale en RDC, formant les futurs leaders de la santé publique congolaise.